Med byggingen av Regionsykehuset i Tromsø (RiTø) ble Sykehusapoteket i Tromsø en realitet og startet 1. juli 1991. Publikumsavdelingen åpnet 3. oktober samme år. Opprettelsen av sykehusapoteket medførte at Farmasøytisk avdeling ved det gamle sykehuset og apoteket Nordstjernen ble nedlagt.

Fra 2002 ble Sykehusapoteket i Tromsø og Sykehusapoteket i Bodø innlemmet i et statlig eid helseforetak, Sykehusapotek Nord HF. Staten har overtatt ansvaret for sykehus, psykiatri, ambulansetjeneste – og alt det som omtales som spesialisthelsetjeneste, inkludert landets sykehusapotek.